C. botulinum được sử dụng để điều chế thuốc chữa bệnh Botox, Dysport, Xeomin và Neurobloc được sử dụng để làm tê liệt cơ một cách có chọn lọc để tạm thời giảm chức năng cơ. Nó có các mục đích y tế " ngoài nhãn " khác, chẳng hạn như điều trị đau mặt nghiêm trọng, chẳng hạn như do đau dây thần kinh sinh ba.

Độc tố botulinum do C. botulinum tạo ra thường được cho là một vũ khí sinh học tiềm năng vì nó mạnh đến mức cần khoảng 75 nanogram để giết một người (LD50 là 1 ng/kg,[37] giả sử một người bình thường nặng ~ 75 kilôgam); 1 kg của độc tố này sẽ đủ để giết toàn bộ dân số loài người. Để dễ so sánh, một phần tư trọng lượng của một hạt cát điển hình (350 ng) độc tố botulinum sẽ tạo thành liều gây chết người.

Thử nghiệm "bảo vệ chuột" hoặc "xét nghiệm sinh học trên chuột" xác định loại độc tố C. botulinum hiện diện bằng cách sử dụng các kháng thể đơn dòng. Xét nghiệm hấp thụ miễn dịch liên kết với enzym (ELISA) với các kháng thể gắn nhãn digoxigenin cũng có thể được sử dụng để phát hiện độc tố,[38] và PCR định lượng có thể phát hiện các gen độc tố trong sinh vật.[13]